→ 建立园区高效运作机制
   实行“开放式”三级管理模式（决策层→管理层→经营服务层），按专业化生产、社会化服务和企业化管理要求，建立规划科学、制度规范、高效精干、支撑有力的管理体制，以保障园区的运转。

构筑园区研究开发和技术创新平台 ，强化科技投入，形成技术优势和核心竞争力

主要研究内容

→  以甲壳素研究开发联合实验室为依托，开展甲壳素产业高值化关键技术攻关。申报国家专利2项，其中有1项为发明专利。完成“壳聚糖药用辅料”、“壳聚糖冰硼膜”和国家一类新药“人工泪液” 的开发。开发“壳聚糖新型纺织助剂”、“富硒壳聚糖”和“甲壳素造纸助剂”等新产品，实现甲壳素产业高值化的全面突破。同时，推广甲壳素清洁生产技术。
→  根据乐清湾养殖生态容量，合理确定网箱养殖数量，推广轮养、混养、清洁生产和新型网箱防污涂料等先进技术，实现网箱养殖业的可持续发展。
→  掌握礁膜的生物学特性、生态学、以及温度、盐度、光照、附着基质等生态因子对礁膜人工育苗和栽培的影响，完成礁膜的营养成分及营养学评价，为填补这国内藻类养殖空白的新品种规模化栽培创造条件，形成500亩的栽培规模。
→  强化鱼虾贝藻等优良新品种的引进和繁育，运用现代生物技术（基因技术、多倍体技术、细胞工程等）改良海洋生物种质。
→  开展休闲渔业技术研究。
→  核心区科技投入占园区科技投入的70%。

2002-2003年：
    完成核心区整体规划和建设任务，包括园区管理机构和运行规章制度，办公大楼、中试车间、实验室和标准厂房的建设。同时，选择礁膜、甲壳素产业高值化、深水网箱、海洋生物育苗等高新技术项目作为突破口，开展产业化关键技术攻关，并陆续进入中试和生产性推广。

2004-2005年：
    进一步完善核心区配套建设，整体提高核心区创新能力和孵化功能，充分利用核心区所形成的高新技术优势和产业化管理经验，以项目为载体，以经济利益为纽带，在示范区进行示范推广，形成产业化规模。

坎门海洋生物深加工产业区
    主要依托已成规模化生产的坎门甲壳素产业区和坎门水产品深加工区，以甲壳素产业高值化和低值鱼综合利用为突破口，形成10亿元的产业规模。

中鹿岛深水网箱养殖区
——中鹿岛深水网箱养殖海区调查　　　　　——建设消浪与分流设施
——深水网箱设计、加工、组装与安装等　　——深水网箱固泊技术应用
——深水网箱高效养殖技术的应用　　　　　——深水网箱养殖区的管理

海山生物苗种繁育基地
　　加强鱼、虾、蟹、贝、藻等品种的培育、引进、驯化及病害防治应用，近期重点突破礁膜藻类规模化栽培技术以及沙蚕、牙鲆、石斑鱼、鲈鱼、南美白对虾等规模化育苗技术和育苗厂工厂化养殖综合利用技术。

乐清湾海洋生态农牧化养殖区
　　浅海生态养殖技术应用 ,浅海网箱养殖技术应用 ,浅海网箱养殖新品种的筛选、引进、开发 ,滩涂综合养殖技术开发应用 ,建立泥蚶苗种中间培育基地 ,围塘精养高产技术的推广应用。

沙门围塘养殖区
　　池塘内循环生态对虾精养高产技术的应用
——全价配合饵料应用技术
——围塘养殖技术应用
——围塘养殖病害防治技术应用

漩门金色海湾旅游度假区
　　利用漩门二期（垦区面积5.6万亩）大型工程所营造的良好旅游度假环境，发挥现有旅游资源整合优势，配合堵港大坝工程，农业综合开发，积极开发水上游乐工程与生态农业观光、海滨休闲度假和海洋科普游乐等新兴旅游项目，并积极筹建国内大型海上滩涂主题游乐园。

披山岛自然资源保护区
　　在小披山和上浪档、下浪档附近海区建立人工鱼礁增殖区，面积50万平方米。吸引定居型海洋生物栖息，同时人工放流水产苗种，使海洋生物明显增加。结合休闲渔业实行有偿采捕。
——建立自然资源保护区
——建立人工鱼礁增殖区
——建立休闲渔业观光区